Энциклопедия должна рассматривать весь круг наук, характеризуя предмет каждой из них и его основное понятие.
Многообразие практических знаний о каком-нибудь всеобщем предмете, сведенное к единству всеобщих представлений, и мысли, возникающие при рассмотрении сущности этого предмета, образуют, если их соединить друг с другом, частную (besondere) науку.
Когда в основе этого соединения лежит эмпирический материал, из которого она извлекает некоторую лишь обобщающую его всеобщность, тогда наука носит преимущественно исторический характер. Когда же сначала следует всеобщее в виде основных определений и понятий и все особенное нужно выводить из него, тогда наука преимущественно имеет более научный в собственном смысле слова характер.
Для круга знаний, который должен составлять особенное содержание (das Besondere) некоторой науки, абсолютной границы не существует, ибо каждый всеобщий или, лучше сказать, конкретный предмет можно разделить на его виды или части и каждый такой вид снова рассматривать как предмет особой науки.
В обычной энциклопедии науки описываются эмпирически, в том виде, в каком они существуют. В ней они должны быть представлены полностью и, кроме того, приведены в такой порядок, когда все сходное и подпадающее под одни и те же определения ставится рядом соответственно аналогичному родству.
Философская же энциклопедия есть наука, раскрывающая необходимую, определенную понятием взаимосвязь, и философское происхождение основных понятий и принципов наук.
Философская энциклопедия является, собственно говоря, изложением всеобщего содержания философии, ибо все, что в науках основано на разуме, зависит от философии; то же, что основывается в них на произвольных и внешних определениях, т.е. является, как его называют, позитивным и статутарным, а также все чисто эмпирическое находится за ее пределами.
По способу, каким они познают, науки бывают либо эмпирическими, либо чисто рациональными. Рассматриваемые абсолютно, как те, так и другие должны иметь одно и то же содержание. Цель научных устремлений состоит в том, чтобы все известное чисто эмпирически возвысить до всегда истинного, до понятия, сделать рациональным и тем самым включить в состав рациональной науки.
Науки расширяются отчасти в эмпирическом плане, отчасти в рациональном. Последнее происходит тогда, когда существенное вычленяют все больше и больше, постигают его под углом зрения всеобщности и эмпирическое выражают в понятиях. Рациональное расширение наук является вместе с тем и расширением самой философии.
Целое науки делится на три главные части: 1) логику, 2) науку о природе, 3) науку о духе. А именно логика есть наука о чистом понятии и абстрактной идее. Природа и дух составляют реальность идеи, первая как внешнее наличное бытие, второй как знающий себя. (Другими словами: логическое есть вечно простая сущность в себе самом; природа есть эта же сущность как отчужденная (entaubert); дух же есть возвращение этой сущности в себя из своего отчуждения.).
В отличие от чистой науки, или логики, все науки о природе и духе можно рассматривать как прикладное знание, как систему реальных, или же частных, наук, так как они представляют собой систему чистого знания в форме природы и духа.